税務調査を受けた後には、「何をすればいいのか」「追加で税金を払わなければならないのか」「今後の経営に影響はあるのか」など、多くの疑問や不安が生まれるかもしれません。
特に、初めて税務調査を経験する事業者や経理担当者にとっては、適切な対応方法が分からず戸惑うこともあるでしょう。
この記事では、税務調査の結果報告がいつ発表されるのか、また、結果の種類や内容、結果報告を受けた後の対応方法、納得できない場合の対処法などについて詳しく解説します。ぜひ最後までご覧ください。
目次
1.税務調査終了後、１週間〜３ヶ月で結果報告の通知が届く
税務調査が終了すると、通常１週間から３ヶ月程度で結果報告の通知が届きます。
税務調査の結果報告は、調査で確認された事項を納税者に正式に伝えるための重要な手続きです。調査内容の整理や内部確認に時間がかかるため、即日ではなく、一定の期間を要します。通知が届くまでの期間は、調査の内容や規模、税務署側の処理状況によって異なります。
例えば、単純な確認作業のみで済んだという場合には１週間程度で通知が届くことがあります。しかし、調査対象が広範囲に及び、修正が必要な項目が多い場合や、複数の税目が絡む場合などには、２〜３ヶ月かかることもあります。
このように、税務調査の結果報告は、通常１週間から３ヶ月程度で通知されるため、調査後は速やかに対応できるよう準備を整えておくことが重要です。
2.税務調査の結果報告には３種類のパターンがある
税務調査の結果報告には、「申告是認」「修正申告」「更正」の３種類のパターンがあります。
税務調査は、納税者の申告内容が正しいかどうかを確認するために行われます。その結果、誤りがなければ「申告是認」となりますが、誤りがあれば修正が求められます。納税者が自発的に修正する場合は「修正申告」、税務署が一方的に修正を行う場合は「更正」となります。
税務調査の３パターンの結果報告内容
①申告是認→問題なし
②修正申告→納税者に修正するよう求める
③更正→税務署が強制的に修正を行う
この章では、税務調査の結果報告の各パターンについて、詳しく解説していきます。
2-1.申告是認(問題がない場合)
税務調査の結果、申告内容に誤りがないと判断されると「申告是認」となります。この場合、追加で税金を納付したり修正をする必要はありません。
税務署が納税者の帳簿や申告書を確認し、申告内容が税法に基づき正しく記載されており特に問題がないということなので、税務署に申告をそのまま認められたという形となります。
例えば、売上や経費が正しく記録されており適切に申告されている企業であれば、税務調査が行われたとしても税務署は「申告是認」と判断し、税務調査は終了となります。
「申告是認」の結果で税務調査を終えるためにも、日頃から正確な記帳と適切な申告を行うようにしましょう。
2-2.修正申告(納税者が修正する必要がある場合)
税務調査の結果、税務署により申告内容に誤りがあると指摘された場合は、納税者が自ら修正し申告する「修正申告」を行います。
税務署が申告内容を精査した際に、売上の計上漏れや経費の過大計上などの誤りが発覚すると、税務署は納税者に修正申告を求めます。納税者がこれを認めた場合は、修正申告を行い、不足分の税金を納めることになります。
例えば、企業が交際費として計上していた一部の支出が、税務調査で私的利用と判断された場合には、修正申告を行い、さらに、過少申告分、延滞分などの加算税を納めることになります。
修正申告を行う場合は、速やかに必要書類を整え、追加納税を完了させることが重要です。
この際の修正申告の対応に不安がある場合は、税務に関する専門家である税理士のサポートを受けることをおすすめします。
税務調査の指摘事項には専門的な判断が求められるケースが多く、納税者自身が適切に対応するのは難しいことが多々あります。税理士に相談することで、税務調査後の対応をスムーズに進めることができます。
2-3.更正(税務署側が強制的に修正を行う場合)
納税者が税務署の指摘に従わず修正申告を行わない場合、税務署が税額を一方的に決定する「更正」が行われます。
税務署は、納税者の申告内容に誤りがあると判断した場合、まず修正申告を促します。しかし、納税者が修正を拒んだり、修正を行わないまま一定期間が過ぎた場合、税務署が独自に税額を計算し、修正した税額を強制的に適用します。これが「更正」です。
例えば、売上を意図的に過少申告していた企業が、税務調査で指摘を受けたにもかかわらず修正申告を行わなかった場合、税務署が本来の売上を基に税額を再計算し、更正処分を下します。
意図的に修正を拒みたい場合を除いて、税務調査で指摘があった場合には、極力更正を受けないように、適宜修正を行う必要があります。
3.税務調査の結果報告に対する対処法
税務調査の結果報告に対しては、状況に応じた適切な対応が求められます。
税務調査の結果報告に対する対応方法
・申告是認→何もしなくて良い。
・修正申告に不満がない→指摘された誤りを修正する。
・修正申告が不満→修正申告をあえて行わず更正を待ち、不服申立てを行う。
・税金の納めすぎが発覚した→更正の請求を行う。
この章では、税務調査の結果報告に対しての、状況に応じた適切な対応について、詳しく解説していきます。
3-1.申告是認なら何もする必要はない
税務調査の結果が「申告是認」であれば、特に対応は不要です。
税務署が申告内容を正しいと判断した場合、追加の税金や修正は発生しないため、納税者が取るべきアクションはありません。
例えば、小規模事業者が正確な帳簿管理を行い、適切に申告していた場合、税務調査が行われたとしても、結果は「申告是認」となり、何の修正も求められないといったケースが挙げられます。
申告是認の場合は、そのまま税務調査が終了するため、特別な手続きをする必要はありません。
3-2.修正申告に不満がなければ指摘された誤りを認めて修正する
税務調査で指摘された誤りに納得できる場合は、速やかに修正申告を行い、追加納税を済ませる必要があります。
修正申告を速やかに行うことで、税務署からの心象が悪くなることを避けることができるだけでなく、延滞税などの余計な負担を最小限に抑えることもできます。
例えば、事務ミスで一部の売上を申告漏れしていた場合、修正申告を行い、不足分の税金と加算税を納付することで問題を解決できます。
このように、税務署の指摘に納得できる場合は、できるだけ早く修正申告を行い、追加納税を済ませましょう。
3-3.修正申告が不満であれば更正を待ち、不服申立てを行う
税務署の指摘に納得できないという場合には、修正申告をあえて行わずに更正を待ち、更正に対して、不服申立てを行うことができます。
※更正などの課税処分に対する不服申し立てとは
不服申立てとは、税務署による処分に納得できない場合に、税務署長や国税不服審判所などに対して「①再調査の請求」「②審査請求」「③訴訟」などを起こすことです。
納税者は、まず、「①再調査の請求」として、更正の処分の通知を受けた日の翌日から3ヶ月以内に、税務署長に対して再調査の請求を行う（「税務署長の処分に不服があるとき」図A参照）ことができます。
また、「②審査請求」として、更正の処分の通知を受けた日の翌日から3ヶ月以内に、直接、国税不服審判所長に対して審査請求を行う（「税務署長の処分に不服があるとき」図B参照）といった選択も可能です。
また、「①再調査の請求」を行った場合であっても、再調査の請求についての決定を経た後の処分に不服があるときには、再調査決定の通知を受けた日の翌日から1ヶ月以内であれば「②審査請求」を行うことができます（「税務署長の処分に不服があるとき」図C参照）。
そして、国税不服審判所長の裁決を受けても処分に不服があるときには、裁決があったことを知った日の翌日から6ヶ月以内であれば、裁判所に「③訴訟」を起こすことができます。（「税務署長の処分に不服があるとき」図D参照）
一度修正申告を行ってしまうと、その内容を納税者自身が認めたことになり、後で争うことが難しくなります。指摘内容に納得できない場合には、更正を受けた後に不服申立てをすることで、適正な判断を求めることができます。
「①再調査の請求」や「②審査請求」によって納税者に不利益となるような変更がされることはありませんので、税務署の判断に納得できない場合には、軽率に修正申告をせず、更正を待って不服申立てをすることを検討しましょう。
3-4.税金の納めすぎが発覚したら更正の請求を行う
ごく稀に生じることですが、税金を納めすぎていたことが発覚したという場合には、「更正の請求」という申請を行い、払いすぎた税金の還付を受けることができます。
税務調査や自主的な見直しにより、申告時の計算ミスが発覚し、過剰に納税していたことが判明した場合、その時点で「更正の請求」を行うことで、適正な税額に訂正できます。原則として、法定申告期限から5年以内であれば「更正の請求」を行うことができるため、遡った申告も可能です。
例えば、前年に必要経費を計上し忘れていたことに気づいた場合、法定申告期限から5年以内であれば、「更正の請求」を行い、払いすぎた税金の還付を受けることが可能です。
税金の納めすぎが判明したら、早めに「更正の請求」を行い、適切な還付を受けましょう。
更正の請求書は、国税庁のウェブサイト「確定申告書等作成コーナー」で作成できます。
4.税務調査後、修正申告する場合の手続き
修正申告を行う際には、適切な手続きを踏み、期限内に納税を完了させることが大切です。
加算税や延滞税の発生を避けるためにも、この章で解説する手順をきちんと踏み、正確な申告と迅速な対応を心がけましょう。
4-1.修正申告用だと明記した確定申告書（申告書第一表と申告書第二表）と、必要な場合は添付書類を税務署へ提出する
修正申告を行う場合は、修正申告用であることを明記した確定申告書と、その他、必要な書類がある場合には書類を添付して、税務署に提出する必要があります。
税務署は、修正申告を求めた際には、修正が適切に行われたかを確認するため、正式な申告書類の提出を求めます。また、修正申告書は通常の確定申告書と区別する必要があるため、「修正申告用」と明記する必要があります。
例えば、売上の計上漏れが発覚し、追加の納税が必要になった場合、確定申告書第一表・第二表を修正したうえで、修正申告であることを明記して税務署に提出します。申告内容によっては、領収書や契約書などの添付書類も求められることがあります。
このように、修正申告を行う際は、「修正申告用」と明記した確定申告書と必要な添付書類を、正しく税務署に提出してください。
修正申告書は、国税庁のウェブサイト「確定申告書等作成コーナー」で作成できます。
4-2.不足していた分の税金と加算税を、修正申告書を提出する日（納期限）までに納付する
修正申告を行った場合、申告の段階で不足していた分の税金と、場合によっては追加で科される「加算税」を、修正申告書の提出日（納期限）までに納める必要があります。税務署から送付された書類に従って納付しましょう。
税金の納付が遅れると、遅れた日数分だけ、さらに延滞税が発生し、余計な負担が増えてしまいます。修正申告を行った時点で、速やかに納税を済ませることが重要です。
例えば、税務調査で100万円の申告漏れが発覚し、修正申告を行った場合、本来の100万円の納税額に加えて過少申告加算税と、修正段階までの延滞税などが発生します。この納付は遅れるほどに、追加の延滞税が科せられることになります。
修正申告後の納税は、余計な税負担を避けるためにも、期限内に速やかに済ませましょう。
4-3.税務調査の結果報告で求められる加算税の種類
修正申告を行う際には、いくつかの種類の「加算税」が追加納税として求められる場合があります。
適切な手続きを踏み、期限内に納税を完了させることで、必要以上の追加納税の発生を避けられます。
以下で紹介する加算税の種類を知り、適切に、税務調査の結果報告で求められた納税に応じられるようにしましょう。
4-3-1.過少申告加算税
過少申告加算税は、申告額が本来の税額よりも少なかった場合に科される税金です。
税務調査で申告漏れが判明し、修正申告を行う場合、追加の税額に対して一定の割合（①納付額の10%、もしくは②期限内申告税額と50万円のうち、どちらか多い額を超える部分には、その部分の15%に相当する額）の過少申告加算税が課されます。
例えば、本来の所得税額に対して、60万円の不足分が発生していたことが税務調査で指摘された場合、その不足分に対して、過少申告加算税が科されることになります。
このとき、もし期限内申告税額が50万円以下だった場合には、申告し忘れた60万円のうち、50万円を超えた10万円に対しては、10万円×15%=15,000円が科されます。残りの50万円については、50万円×10%=50,000円が科されます。
このように、申告額が不足していた場合、過少申告加算税が発生します。
4-3-2.無申告加算税
無申告加算税は、法定納期限内に納税の申告をしなかった場合に課される税金です。
税務調査で法定納期限内に申告をしなかったことが発覚した場合、税務署はペナルティとして無申告加算税を科します。税額は、納付すべき税額が50万円までの部分に対しては15%、50万円超、300万円までの部分に対しては20%、300万円を超える部分に対しては25%となります。
例えば、税務調査で無申告が発覚し、100万円の納税が無申告だった場合、100万円に無申告加算税をプラスして納めることになります。このとき、50万円の部分には15%（50万円×15％＝75,000円）、残りの50万円には20%（50万円×20％＝100,000円）の無申告加算税（合計175,000円）が科されます。
このように、期限内の税の申告を怠ると、無申告加算税が発生します。
4-3-3.不納付加算税
不納付加算税は、源泉所得税や復興特別所得税を納期限内に納付しなかった場合に科される税金です。
税務署は、特に企業に対して期限内に納税しないことを防ぐために、不納付加算税を課しています。税率は、税務調査後に納付する場合、納付しなかった税額に対して10%の税率が適用されます。
ただし、一定の条件を満たせば、不納付加算税が免除されることがあります。
例えば、不納付加算税の金額が5,000円未満の場合や、法定納期限までに納付できなかったことに正当な理由があると認められる場合には、免除となります。
このように、源泉所得税や復興特別所得税を法定納期限内に納付しなかった場合には、不納付加算税が発生します。
4-3-4.延滞税
延滞税は、法定納期限までに税金を納めなかった場合に発生する、利息に相当する税金です。
税金の納付が遅れると、納付額と延滞日数に応じた延滞税が発生します。
例えば、納税期限を1ヶ月過ぎてから税務調査で修正申告を求められ、過少申告していた税として10万円を納付するという場合、10万円だけでなく、1ヶ月分の延滞税が加算され、その分多くの税額を支払うことになります。
このように、納税の遅れがあった場合には、遅れた日数分だけの延滞税が追加で発生します。
※延滞税に関わる法定納期限については、税目と年度によって異なります。以下の表を参考にしてください。
所得税の法定納期限
| 区分 | 法定納期限 |
| 令和6年分 | 令和7年3月17日（月） |
| 令和5年分 | 令和6年3月15日（金） |
| 令和4年分 | 令和5年3月15日（水） |
個人事業者の消費税及地方消費税の法定納期限
| 区分 | 法定納期限 |
| 令和6年分 | 令和7年3月31日（月） |
| 令和5年分 | 令和6年4月1日（月） |
| 令和4年分 | 令和5年3月31日（金） |
※延滞税の税率も年度ごとに変動するため、必要な場合には最新の情報を確認するようにしましょう。
詳しくは、以下の国税庁のウェブサイトで計算できるようになっています。参考にしてみてください。
4-3-5.重加算税
重加算税は、故意に所得を隠したり、虚偽の申告を行った場合に科される、税率の最も重い加算税の種類です。
単なるミスではなく、意図的な隠蔽や虚偽申告と判断された場合、通常の過少申告加算税や無申告加算税の代わりに、より高い税率（過少申告や不納付があった場合、納めなかった分の金額に対して、過少申告加算税や不納付加算税の代わりに35%の税率、または、無申告があった場合、納めなかった金額に対して、無申告加算税の代わりに40%の税率）の重加算税が科されます。
例えば、架空の経費を計上して税金を少なく申告していた場合、税務調査で意図的な不正と判断されると、重加算税が科されることになります。
このように、税務調査で意図的な隠蔽など、悪意ある行動と判断された際には、重加算税が科されます。
5.税務調査は結果報告により是認報告、あるいは指摘事項の修正が行われると終了となる
税務調査は、結果報告によって「申告是認」または「修正申告・更正」が確定すると、正式に終了します。
税務調査の目的は、納税者の申告内容が適正かどうかを確認することです。調査の結果、問題がなければ「申告是認」となり、税務調査は終了します。一方で、誤りが発覚した場合は修正申告または更正が行われ、その手続きが完了すれば調査が終了することとなります。
例えば、調査の結果、特に指摘事項がなかった場合は、そのまま調査終了となります。一方、売上の申告漏れが発覚し、納税者が修正申告を行い追加納税を完了すれば、それで税務調査は終わります。
※「更正の請求」が認められる場合には、税務署で承認され、税金の還付が行われた時点で終了となります。
更正に対しての不服申し立てがあった場合には、国税不服審判所長や税務署長が、更正の処分が正しかったかどうかを調査・審理し、その結果を「裁決書」により納税者と税務署長に通知します。採決書に従った修正申告や税金の還付などが行われた時点で終了となります。
このように、税務調査は、結果報告の後、納税者や税務署が適切な対応を取ることで正式に終了します。納税者側は、税務調査の結果報告を受けた際には、決して放置などをせずに、必要な手続きを確実に行うようにしましょう。
6.税務調査や税務調査の結果報告に対する対応に不安のある方は辻・本郷 税理士法人の税務顧問サービスをご検討ください
税務調査の結果報告への対応に不安がある場合は、税理士のサポートを受けることをおすすめします。
税務調査の指摘事項には専門的な判断が求められるケースが多く、納税者自身が適切に対応するのは難しいことが多々あります。税理士に相談することで、税務調査後の対応をスムーズに進めることができます。
例えば、調査で不当な修正を求められた際、税理士が適切な主張を行うことで、不必要な修正申告を回避できる場合があります。
また、不服申立てが必要な場合、税務署長や国税不服審判所長に対する請求を行う必要があるため、経験豊富な税務の専門家である税理士をアドバイザーにつけることで、有利にことが運ぶようになります。
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7.まとめ
税務調査の結果報告には「申告是認」「修正申告」「更正」の３種類があり、それぞれに適切な対応が必要です。
税務調査の結果に応じた適切な対処を行わなければ、不必要な税負担を科されてしまう可能性があります。放置せず、必要な対応を取るようにしましょう。
税務調査の結果が「申告是認」であれば特に対応は不要ですが、修正申告が必要な場合には速やかに申告・納税を行う必要があります。
結果に不服がある場合は、更正を待ち、不服申立てを検討することも可能です。
税務調査後は、結果報告に応じた適切な対応を行いましょう。
もし、対応に不安がある場合には、辻・本郷 税理士法人などの税理士によるサポートを活用することで、トラブルを確実に回避することができます。ご検討ください。