「今の顧問税理士は、本当に薬局経営を理解してくれているのだろうか」
「支払っている顧問料に見合った助言が得られていない気がする・・・」
このような疑問を感じ始めたときは、現在の税務顧問契約を見直すタイミングのひとつといえます。
調剤薬局を経営するうえでは、薬局特有の仕組みや制度を踏まえた対応が重要です。そうした前提が十分に共有されていない場合、気づかないうちに税務リスクや不要な税務コストを抱えることにもつながります。
本記事では以下の点について整理します。
- 「薬局経営に強い税理士が必要な3つの理由」
- 「薬局経営に強い税理士の10の特徴」
- 「薬局専門税理士へ依頼するときの顧問料の相場」
現在の顧問税理士との関係を整理し、今後の経営判断に役立てていただくための一助になれば幸いです。
目次
1.薬局経営には「業界に強い税理士」が必要な３つの理由
薬局経営において「業界に強い税理士」が必要な3つの理由を解説します。
1-1.薬局特有の会計・税務を正しく扱う必要があるため
調剤薬局の売上の多くは保険調剤による収入であり、現金で売上が立つ一般的な小売業やサービス業とは異なる特徴を持っています。こうした仕組みを理解せずに処理をすると、帳簿上は合っているように見えても、実際の経営状況とズレた数字になってしまうことがあるのです。
薬局特有である会計上の特徴の一例として、代表的なものは次のとおりです。
- 保険請求から入金までに一定の期間が生じる
- 消費税の課税取引と非課税取引が混在している
- 売上（調剤報酬）が立っていても、仕入れ（薬剤の仕入）次第で利益が左右されやすい構造を前提に管理する必要がある
- 調剤報酬の算定要件・施設基準を前提に数字を管理する必要がある
これらの特徴を踏まえずに運営を続けた結果、不適切な請求として行政上の指摘やペナルティを受けることもあります。
ペナルティの一例（事案の内容による）
- 保険報酬の返還請求
- 保険薬局指定の取消処分
- 薬剤師・運営側への行政処分
実際の事例は、厚生労働省のHPで公表されています。
以下は、帳簿上は売上として計上されていても、届出内容と実態が一致していなかったことにより、後から不正請求と判断され、重大な行政処分につながった事例です。
三重の薬局が保険取消相当処分を受けた事例／厚生労働省
厚生労働省の令和5（2023）年度の指導・監査結果により、三重県の「おだいじに薬局」では、施設基準を満たさないまま虚偽の届出を行い、処方箋受付回数を操作して高い区分で調剤報酬を算定していたことが確認されました。
その結果、保険薬局指定取消相当処分とされ、約452万円の調剤報酬返還が求められました。
出典：厚生労働省「令和５年度における保険医療機関等の指導・監査等の実施状況について」
参考：東海北陸厚生局「元保険薬局への対応について」
「薬局特有の仕組みを前提に、数字の意味を正しく整理できること」が、薬局経営に強い税理士に求められる基本的な要件といえます。
1-2.業界理解の差が「税務リスク」や「税務コスト」の差につながるため
薬局特有のルールを十分に理解せず処理を続けていると、日常業務では問題がなくても、税務調査や制度改定をきっかけに指摘を受けるなど「税務リスク」の可能性が高まります。
また、消費税の計算方法や在庫評価の判断を誤ることで、本来であれば抑えられたはずの「税務コスト」を、知らないうちに負担し続けてしまうケースもあります。
以下は、薬局税務においてよくある間違いと、その結果生じる「税務リスク」や「税務コスト」の一例です。
| よくある間違い例 | 具体的なリスクやコスト | |
|---|---|---|
| 税務リスク （税務調査で指摘を受ける） | 薬局の在庫を一般的な小売業と同じ感覚で評価してしまう | ・利益が実態より多く（少なく）見える ・税額が年ごとに大きく変動する ・税務調査時に在庫評価の説明負担が増える |
| 税務コスト （税負担が増える） | 消費税の区分を形式的な処理だけで済ませてしまう | ・本来選択できた計算方法を活かせない |
「税務リスク」について、国税庁の公表資料では、「棚卸資産の評価方法について、事業実態に即した合理性と継続性が求められる」ことが明示されています。
参考：国税庁「棚卸資産の評価方法」
そのため、在庫評価の前提や方法について十分な説明ができなかったことを理由に、税務調査で修正を求められることもあります。個別の税務調査内容は公表されていませんが、棚卸資産の評価方法の合理性や継続性が争点となった裁決事例が公表されています。
参考：国税不服審判所 裁決事例
「税務コスト」については、国税庁によると、「非課税売上と課税売上が混在する事業において、仕入税額控除の計算方法により納税額に差が生じる」ことが示されています。
特に、調剤薬局のような業態では、事業内容に応じた計算方法の検討を行わないまま処理を続けることで、本来より税負担が重くなるケースがあります。
参考：国税庁「No.6501 納税義務の免除」
参考：国税庁「No.6505 簡易課税制度」
参考：国税庁「No.6201 非課税となる取引」
業界理解の差によって「税務コスト」に差が生じた事例
年商約8,000万円の単店経営の調剤薬局では、売上の大半が処方箋調剤による非課税売上で構成されていましたが、開業当初から簡易課税制度を選択したまま、一般課税との比較検討を行っていませんでした。
申告自体は適法で、税務調査での指摘もありませんでしたが、税理士変更をきっかけに原則課税で試算したところ、仕入税額控除をより多く適用できる可能性が高いことが判明しました。
その結果、毎年数十万円単位で消費税負担額を削減できるようになりました。
これらはいずれも単純な処理ミスというより、薬局特有の構造を前提に判断しているかどうかの差によって生じるものです。業界理解の差が、結果として税務リスクや税務コストの差につながる例といえます。
1-3.薬局経営の数字を、経営判断に活かす必要があるため
ここまで見てきたように、薬局特有のルールの性質上、売上や利益が出ているように見えても、実際の経営感覚と数字が一致しないことがあります。こうした前提を十分に踏まえずに数字を確認していると、次のような状態になることがあります。
- 利益は出ているが、手元資金が増えていない
- 忙しさの割に収益性が改善しておらず、理由が分からない
- 出店や人員配置の判断に迷いが生じる など
業界に強い税理士であれば、月次の試算表やキャッシュフローをもとに、薬局経営の実態に即した数字の見方を整理することができます。そのうえで、出店や人員配置、設備投資などの判断材料を示すことができるのです。
申告書を作成するための数字にとどまらず、経営の方向性を考えるための数字として活用できるかどうかが、薬局経営に強い税理士といえます。
2.薬局経営に強い税理士の「10の特徴」
実際に「薬局経営に強い税理士」とはどのような特徴を持っているのでしょうか。
具体的な「10のポイント」を整理します。
□ 調剤報酬改定に伴う個別指導・監査への対応に強い
□ 保険収入と消費税の処理に精通している
□ 保険請求の入金遅れやレセコン・レセプト請求の実務を理解している
□ 薬価改定や制度変更に迅速に対応できる
□ 在庫管理と消費税方式を正確に判断できる
□ 財務分析・キャッシュフロー分析が得意
□ 薬局経営向けの節税ノウハウを提案できる
□ 店舗展開や医療機関との連携に関する知見がある
□ 開業からM&A・事業承継まで一貫して支援ができる
□ 相談しやすく、迅速な連絡体制がある
2-1.調剤報酬改定に伴う個別指導・監査への対応に強い
調剤報酬改定や個別指導・監査を見据えた対応ができる税理士であることが重要です。
調剤報酬は、厚生労働省 が所管する制度に基づき、原則2年に1度（中間改定あり）見直され、そのたびに算定要件や運用ルールが細かく見直されます。この前提を十分に理解していないと、後から指導や監査で指摘を受ける可能性が高まります。
万一、調剤報酬の算定修正により返還金が生じた場合でも、薬局経営に強い税理士であれば、以下の内容を整理し、経営者が理解しやすい形で説明することができます。
- 返還金をどの年度・どの科目で処理するか
- 法人税・消費税への影響はどうなるか
- 今後の決算・資金繰りへの反映方法 など
また、日頃から「どの算定が指導対象になりやすいか」「改定時に数字がどう変わりやすいか」を意識した会計管理を行うため、指導・監査時の説明負担も軽減されます。
その結果、経営者は過度な不安を抱くことなく、経営判断に集中することができるのです。
2-2.保険収入と消費税の処理に精通している
保険収入と消費税の関係を正しく理解している税理士かどうかも重要なポイントです。
調剤薬局の取引には、消費税が課税されるもの（OTCなど）と、非課税となるもの（保険調剤収入）が混在しています。この区分を正しく理解せずに処理を行うと、1-2の事例のように、本来選択できた計算方法を活かせず、結果として消費税の負担が重くなってしまうこともあります。
薬局の売上構成を踏まえ、保険調剤収入を前提に日常の会計処理から申告まで一貫して整理し、制度上無理のない税負担となるよう対応してくれる税理士が望ましいといえるでしょう。
消費税に関する判断に迷うことが減り、経営者は安心して本業に集中しやすくなります。
2-3.保険請求の入金遅れやレセコン・レセプト請求の実務を理解している
保険請求の入金サイクルを前提に数字を見られる税理士かどうかが重要です。
調剤薬局では、レセプト請求を行ってから実際に入金されるまで、一定の期間（概ね45〜60日程度）が生じます。この仕組みを理解していないと、利益は出ているのに資金が増えない理由を説明できず、経営判断が難しくなります。
保険請求や入金サイクルに精通した税理士であれば、レセプト請求や入金の流れを前提に、月次の数字や資金状況を整理し、実際に即した資金状況をわかりやすく説明してくれるでしょう。
数字の動きを正しく把握でき、資金繰りの見通しを持った上で、中長期の経営判断がしやすくなります。
2-4.薬価改定や制度変更に迅速に対応できる
薬価改定や制度変更の影響を把握し、早めに対応できる税理士であることも重要です。
薬価や制度は原則2年に1回の改定に加え、中間改定も行われており、実質的にはほぼ毎年見直しが生じます。これらは売上や利益、資金繰りに直接影響するため、改定内容を十分に把握しないまま数字を見ると、変動の理由が分かりにくくなり、経営判断に迷いが生じやすくなります。
薬価改定や制度変更に迅速に対応してくれる税理士であれば、月次の数字に大きな変動があっても、「一時的な制度要因なのか」「経営上の問題なのか」を冷静に切り分けることができます。
経営者は数字の変化に振り回されることなく、早い段階で対策を検討できるため、落ち着いて経営判断を行いやすくなります。
2-5.在庫管理と消費税方式を正確に判断できる
在庫管理や消費税方式の判断が正確に判断できるかどうかもポイントです。
医薬品の在庫は金額が大きく、在庫の評価方法や管理の仕方によって、決算時の利益や税額が大きく変わることがあります。判断を誤ると、利益や税額が実態とズレた形で表れやすくなることもあります。
実態を踏まえた在庫管理の考え方や、自社に合った消費税方式（簡易課税・原則課税）について助言してくれる税理士が薬局経営に強い税理士といえます。
在庫管理と消費税方式は、一度の判断差が毎年の税負担に影響し続ける分野です。決算の数字が安定しやすくなり、税務調査の際にも説明しやすくなるため、結果として無理のない形で税負担を抑えやすくなります。
関連記事：「【税理士監修】消費税の節税方法ガイド｜今すぐ見直すべき11の項目」
2-6.財務分析・キャッシュフロー分析が得意
財務分析やキャッシュフロー分析を行い、利益だけでなく資金の流れを把握できるかも重要です。
調剤薬局では、保険請求から入金までのタイムラグや在庫金額の影響により、帳簿上は黒字でも、資金繰りに余裕がなくなることがあります。数字を表面だけで見ていると、こうした状況に気づきにくくなります。
月次の試算表やキャッシュフローをもとに、実態に即した財務状況を整理し、将来を見据えた判断材料を提供してくれる税理士がよいでしょう。
資金不足を事前に把握しやすくなり、安心して日々の経営判断を行いやすくなります。
2-7.薬局経営向けの節税ノウハウを提案できる
薬局経営向けの節税ノウハウを提案ができる税理士かどうかもポイントです。
たとえば、一定の要件を満たした設備投資については、「中小企業経営強化税制」を活用することで、即時償却や税額控除といった税務上のメリットを受けられる場合があります。
薬局業界に強い税理士であれば、薬局の経営状況や投資計画を踏まえたうえで、制度が本当に適用できるか、将来の経営に無理がないかまで含めて判断し、活用の可否を具体的に助言することができます。
その結果、制度の適用可否や効果を数字で把握したうえで、納得感のある節税判断ができるようになります。
“中小企業経営強化税制とは”
中小企業が生産性向上や業務効率化につながる設備投資を行う際、事前に認定を受けることで、即時償却や税額控除といった税務上の優遇を受けられる制度です。
調剤薬局では、調剤機器や業務システムの導入時に活用されることがあり、投資のタイミングと要件を正しく押さえることが重要です。
2-8.店舗展開や医療機関との連携に関する知見がある
店舗展開や医療機関との関係性を見据えた助言ができる税理士かどうかも重要です。
調剤薬局は開業後の運営が安定してくると、多店舗展開等を検討する場面が出てくることが多くなります。新規出店や多店舗展開を行う際には、法人形態、資金調達、人員配置、将来の収益性など、税務・会計の観点から検討すべき事項が増えていきます。
また、医療機関との連携や立地条件によっては、売上構造やコスト構造が大きく変わることもあり、一般的な会計処理だけでは実態を正しく把握できないケースもあります。
薬局業界に強い税理士は、こうした薬局特有の経営判断を前提に、「無理のない出店ペースか」「将来の管理体制に負担がかからないか」といった点まで助言することができます。
そのため、拡大を急ぎすぎることなく、経営の安定を保ったまま次のステップを検討しやすくなります。
2-9.開業からM&A・事業承継まで一貫して支援できる
開業時だけでなく、その先のM&Aや事業承継まで見据えて支援できる税理士かどうかもポイントです。
調剤薬局の経営において、第三者への譲渡、親族内承継など、将来に関する選択肢を検討する場面が出てきます。その際、税務や会計の考え方次第で、手取り額や負担が大きく変わることもあります。
業界に強い税理士であれば、開業当初から将来を見据えた会計・税務の設計を行い、M&Aや事業承継の段階でも、一貫した視点で対応することが可能です。
その結果、いざ承継や売却を検討する際にも、選択肢を広く持ちやすくなります。
2-10.相談しやすく、迅速な連絡体制がある
必要なときにすぐ相談でき、迅速に対応してもらえる税理士かどうかも重要です。
税務や会計の判断は、「あとでまとめて」ではなく、日々の経営判断と同時に求められる場面が少なくありません。設備投資のタイミングや人員配置の変更、在庫量の調整などが多い薬局経営においても同様です。 連絡が取りづらかったり、回答までに時間がかかると、判断を先送りにしてしまいます。
専門知識に加えて、「メールやチャット・オンライでの連絡が可能」「いつまでに回答できるかが明確」といった、相談のしやすさや対応の早さが整っている税理士といえます。
迷ったときにすぐ判断できることで、不安や機会損失を防ぎ、経営のスピードを落とさずに進めやすくなります。
3.薬局専門税理士に依頼するときの顧問料の相場は？
薬局専門税理士に依頼するときの「顧問料の相場」と「金額を見る際に確認すべきポイント」を整理します。
3-1.薬局の顧問料は規模（個人/法人・売上・店舗数）により変わる
薬局の顧問料は、「個人/法人」「売上」「店舗数」といった規模により相場が変わります。なお、その専門性からも一般の業種と比較して高めに設定されていることが多いです。
以下は、規模別の顧問料の相場（目安）の一覧です。
| 個人薬局 （年商１億円以下） | 法人薬局 (年商１〜3億円) | 法人薬局 (年商3〜10億円) | |
| 顧問料（月額） | 2〜4万円 | 3〜5万円 | 4〜6万円 |
| 決算料 | 8〜15万円 | 15〜25万円 | 25〜40万円 |
| 記帳代行 | 2万円～（200仕訳以内）／月 | ||
| 年間総額 | 32〜63万円 | 51〜85万円 | 73〜112万円 |
※定期面談年1回、給与計算、年末調整などは含めません。多店舗経営の場合は店舗数や管理の範囲に応じて顧問料が上がるケースがあります。
例１：個人薬局(年商１億円以下)：年間32〜63万円
個人事業として薬局を経営している場合の顧問料の相場です。
法人と比べると、「事業規模」「申告形態」「管理すべき数値の範囲」は比較的コンパクトになります。一方で、調剤報酬を中心とした収益構造や、消費税・在庫といった薬局特有の特徴は、個人薬局であっても変わりません。そのため、「規模は小さくても、専門性が不要になるわけではない」点から、この価格帯の前提になっています。
また、将来的な法人化や事業拡大を見据えた段階では、顧問料が上限寄りになるケースも多く見られます。
例２：法人薬局（年商1～3億円）：年間51〜85万円
年商3億円程度までの法人薬局の顧問料の相場です。
この規模では、取引量や店舗数は比較的限定的である一方、調剤報酬を中心とした収益構造や、消費税・在庫に関する判断といった薬局特有の点において一定の専門性を要するため、他の業種より高めに設定されていることも多いです。
また、法人である以上「法人税・消費税の申告責任」や「数値の誤りが経営に与える影響」は個人事業と比べて重くなる点がこの価格帯の根拠といえます。
例３：法人薬局（年商3億円〜10億円）：年間73〜112万円
年商3〜10億円までの法人薬局の顧問料の相場です。
この規模になると、店舗数・取引量の増加や数値のズレが経営全体に与える影響の拡大や、税務調査時の指摘額リスクの増大といった点が顕著になります。
また、数％の判断差が数百万円単位の利益・税額差につながるケースも珍しくありません。こうした背景から、責任範囲と判断における難易度を反映した顧問料として、この価格帯が設定される傾向があります。
3-2.顧問料を比較する際は「含まれる範囲」が最も重要
顧問料を検討する際は、「月額いくらか」だけでなく、「その金額に何が含まれているか」を確認することが重要です。
一般的に「顧問料に含まれることが多い業務」と「追加料金になりやすい業務」を紹介します。
“顧問料に含まれることが多い業務の例”
- 月次決算・試算表の作成
- 決算・税務申告
- 日常的な税務相談
- 薬局特有の税務判断（消費税・在庫など）
これらは、税理士が顧問として継続的に関与するうえで、基本的な業務として位置づけられることが多いものです。月次決算や試算表の作成、決算・税務申告は、経営状況を把握し、適切に申告を行うための土台となります。
また、日常的な税務相談や、消費税・在庫といった薬局特有の論点に関する判断についても、顧問契約の範囲内で対応されるケースが一般的です。ただし、具体的な対応範囲や深さは税理士事務所ごとに異なるため、事前に確認しておくと安心です。
“追加料金になりやすい業務の例”
- 記帳代行
- 年末調整
- 法定調書の作成
- 償却資産申告
- 給与計算
- 税務調査対応 など
これらの業務は、事業規模や従業員数、取引量によって作業量が大きく変わるため、顧問料とは別に追加料金として設定されるケースが多く見られます。
特に、記帳代行や給与計算、年末調整などは、件数や人数が増えるほど負担が増える業務であるため、対応範囲や料金体系を事前に確認しておくことが重要です。
関連記事：「税理士顧問料の相場はいくら？適正な費用と最適な税理士の選び方を解説」
3-3.薬局経営において確認すべき顧問料のチェックポイント
ここまでを踏まえ、特に薬局経営の顧問料を確認するときのチェックポイントについてまとめました。
□ 消費税（非課税・課税混在）に関する判断が含まれているか
□ 在庫評価・在庫管理に関する助言が含まれているか
□ 調剤報酬改定・個別指導を意識した対応が含まれているか
□ 月次試算表の作成と、その内容説明が含まれているか
上記の業務が顧問料に含まれているのかを確認したうえで、検討するとよいでしょう。
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6.まとめ
本記事では、薬局経営には業界に強い税理士が必要として、業界に強い税理士の特徴と顧問料の相場について整理しました。
薬局の経営では、保険調剤を中心とした収益構造や、消費税・在庫・入金サイクルなど、業界特有の仕組みを前提に数字を整理できる税理士かどうかが重要になります。
また、顧問料を検討する際は、表面的な金額だけでなく、「薬局経営に必要な判断やサポートがどこまで含まれているか」を確認することが重要です。