MS法人とは？メリットとともに設立の注意点を解説！

「そもそも、MS法人とはどんな会社なのか」

「MS法人」という名称は聞いたことがあっても、「何をする会社なのか」「なぜ設立するのか」など、その実態は知らないという方は多いようです。

MS法人は、医療法人や個人のクリニックに関わる業務を行う営利法人です。経営や業務を効率化するほか、節税や事業承継にも利用できるため、医療機関の心強い味方になる存在といえるでしょう。

​一方で、M​S法人は規制が強化される傾向にあります。業務実態が伴っておらず、単なる節税目的で設立した場合は、税務否認などのリスクも懸念されます。

本記事では、MS法人について、設立するメリットとともに、注意点についてくわしく解説しました。
MS法人設立に関する疑問を解消するヒントになれば幸いです。

1.MS法人とは？

MS法人（メディカル・サービス法人）とは、医療機関の運営にかかわるさまざまな業務を担う一般企業です。「MS法人」は正式名称ではなく通称であり、多くの場合、株式会社や合同会社として運営されています。

MS法人は、医療法人やクリニックに付随して設立されることが多く、必要に応じて業務の提供や不動産の賃貸、医療に関連する物品の販売やリースなどのさまざまな業務を担っています。
そのため、特定の医療法人やクリニックと密接な関係をもって運営されているケースが少なくありません。

1-1.医療法人とMS法人の違い

医療法人とMS法人の違いを比較してみましょう。

医療法人は、患者の利益を最優先にすべきであるという理由から、法律上、営利を目的とした活動することを厳しく規制しています。
そこで医療機関のサポート業務や経営の多角化を担うのがMS法人です。MS法人は一般企業であるため、営利目的の事業を行うことができ、業務の内容に規制はありません。

2.MS法人設立の5つのメリット

MS法人を設立すると、以下の5つのメリットが期待できます。

2-1.所得の分散ができる

MS法人を利用することで所得を分散し、節税により世帯の所得を増やすことにつながります。

個人のクリニックの場合、院長に所得税が課税されます。所得税は累進課税であるため、所得が多いほどにその税金は高額になっていきます。
そこで、配偶者や子どもを役員とするMS法人に業務を委託し、委託料を支払うことで院長の所得を抑え、負担する所得税を軽減することが可能です。さらにMS法人の役員である配偶者や子どもが役員報酬を受け取ることで、結果的に世帯の収入を増やすことができます

ただし、MS法人が業務を行っている実態が認められず、節税目的のMS法人設立打と判断された場合、税務否認される可能性があります。くわしくは、「3-2. 税務否認リスクがある」で解説しています。

2-2.医療法で規制されている事業ができる

MS法人では、医療法人が医療法で規制されている営利目的の事業を行うことができるため、医療機関の得意分野を生かした事業や経営の多角化、収益の向上が期待できます。

医療法人では禁止されていても、MS法人であればできる関連事業には、以下のようなものがあります。

• 健康食品や化粧品などの物販
• 看護師の派遣事業
• 医療機器のリース
• 不動産賃貸業　など

医療関連分野で事業を拡大を検討している場合は、MS法人の設立が視野に入ります。

2-3.資金調達の手段が増える

医療機関の資金調達の方法は、金融機関などの融資が主となります。MS法人利用することで、資金調達の選択肢が増えます。

医療機関の資金調達は、医療法等により多くの制限を受けます。
社会医療法人であれば、社債の発行は可能ですが、厳しい条件を満たすことが必要です。また、不動産を担保に資金の融資を受ける方法も医療法の規制を受けるため、非常にハードルが高いといえるでしょう。

そのため、一般的に医療機関が資金調達するための方法には、金融機関や福祉医療機構（WAM）、日本政策金融公庫から融資を受けるなど、制限があります。

MS法人を設立することで、MS法人の株式や社債の発行、不動産を担保にした融資などにより資金調達し、医療機関に貸し付けることができるようになります。

ただし、設立したばかりで実績がないMS法人は、融資の審査を通ることが難しいことが考えられます。そのため医療法人やクリニックの院長がMS法人の債務を連帯保証することが一般的です。

MS法人としての実績が積み上がっていくことで、MS法人単独での融資や不動産を担保にした高額な融資も受けられるようになります。

2-4.経営リスクから資産を守ることができる

医療機関とMS法人を分けることにより、医療機関が財務上の問題を抱えた場合でも資産を守ることにつながります。

医療機関は、一般的な経営リスクのほか、医療機関特有のリスクを抱えています。MS法人が不動産などの資産を所有し、医療機関にリースすることで、万が一、医療法人が経営リスクを抱えた場合でも、資産を守ることが可能です。

さらに新たに医療法人を設立する場合は、出資持分が認められていません。出資した人が医療法人の理事長から退任したり、医療法人が解散になった場合でも、出資した資産は戻ることなく、失う可能性が高くなることにも注意が必要です。

2-5.事業承継対策ができる

MS法人の設立は、事業承継や相続税対策にも活用できます。

①MS法人は、後継者が医師・歯科医師でなくても経営を引き継ぐことができる

医療法人の理事長やクリニックの院長は、原則として医師もしくは、歯科医師であることが必要です。子どもが医師・歯科医師でない場合は、後継者となることができません。

MS法人に資産を移すことで、子どもが医師・歯科医師資格がない場合でも、資産を引き継ぐことができます。
また、複数人の子どもがおり、医療機関の承継で相続の分配に不平等が生じる場合でも、MS法人を利用することで分配の選択肢が広がります。

②医療法人（出資持分あり）の場合、相続税の軽減につながる

医療法人は配当が禁止されているため、内部留保が大きくなる可能性があります。そうなると、相続時に、出資持分の評価が高額になるかもしれません。

MS法人を設立し、利益を分散させておくことで、評価額の上昇をおさえることができます。さらに、あらかじめMS法人の出資者（株主）を相続させたい相手にしておくことで、相続税を軽減することができます。

3.MS法人設立6つの注意点

MS法人の設立は、業務実態が伴っていることが非常に重要になります。設立を検討している場合は、以下の6つの点に注意しましょう。

3-1.役員の兼務ができない

医療法人とMS法人の役員は、兼務することができません。

医療法人は非営利性を担保することがであることが求められます。そのため、営利を目的としたMS法人との役員の兼務はできません。
なお、個人で開業しているクリニックの院長や、役員を務めている医療法人と取引関係のないMS法人であれば、役員の兼務は可能です。

3-2.税務否認リスクがある

医療法人とMS法人の取引が不適切であると判断されると、税務調査で否認される可能性があります。
さらに令和8年の税制改正で、法人税における「企業グループ間の取引に係る書類保存の特例」が創設されたことにも注意が必要です。

税務調査で否認を受けるリスクを軽減するにも、以下の3点に注意しましょう。

MS法人は同族間取引であることが多いため、業務が実態に即していない、適正な取引価格が設定されていない場合は、悪質な租税回避と判断され、税務調査で否認されることが考えられます。

また、令和8年度の「企業グループ間の取引に係る書類保存の特例」の創設により、グループ会社間の取引における書類の保存要件が厳格化されます。医療機関とそれに付随するMS法人も該当するため注意しましょう。

MS法人にくわしい税理士などの専門家のアドバイスを受け、適切な価格で取引を行い、書類の保存などの対応を行うことが大切です。

参考：令和８年度税制改正の大綱|財務省

3-3.税負担が増える可能性がある

所得税の節税効果を期待してMS法人を設立したとしても、消費税が課税されることで、トータルの納税額が上がってしまうことが考えられます。

MS法人を利用することで所得税を軽減できる一方で、医療機関とMS法人の取引は消費税の課税対象になります。MS法人の売上が、消費税の課税対象となる1,000万円を超える場合は注意が必要です。

税理士などの専門家に相談し、あらかじめ税金に関するシミュレーションを行うことをおすすめします。

3-4.医療法人とは別に維持費や税金がかかる

MS法人を設立する場合、既存の医療法人とは別の法人格になるため、設立や運営に費用や税金が別途必要です。

MS法人は設立時期だけでなく、維持・運営にも継続的な費用がかかります。医療法人とは別に事業計画や資金繰りを考えることが必要です

3-5.医療機関に関連する法改正の影響を受けやすい

医療機関は、関連する法律の改正が多い分野です。それに伴い、MS法人も直接的、間接的に影響を受けることになります。

医療関連の税法や医療法は頻繁に法改正が行われます。さらにMS法人の業務内容によっては薬機法、景品表示法など、さまざまな法律が関連してくるため、法改正の動きには十分な注意が必要です。

辻・本郷 税理士法人では、医療法人・クリニック様をサポートするために、税制改正をはじめ各種セミナーを開催しています。
辻・本郷 税理士法人グループ　医療法人・クリニック向けセミナー

3-6.MS法人が一定の要件に該当する場合、医療法人は報告書の提出が必要

MS法人の代表が医療法人の理事長の近親者であり、一定の額以上の取引を行う場合、医療法人は、都道府県知事に対し、毎会計年度終了後３ヶ月以内に「関係事業者との取引の状況に関する報告書」の提出が必要です。

4.MS法人の設立を検討すべきケース

医療機関が拡大基調にあるときに、MS法人の設立を検討するケースが多くなっています。
ただし、注意しなければいけないことも多いため、まずは医科・歯科分野にくわしい専門家に相談することをおすすめします。

4-1.院長の所得税が負担になっている

院長の所得が多く、所得税が高額になっている場合は、対策としてMS法人を設立が検討されます。

ただし、MS法人の設立は、業務の実態があることが前提となります。まずは、どんな事業を行い、役員を誰にするかなど、しっかりとMS法人の設計を行うことが必要です。

4-2.医療以外の分野に事業を拡大したい

医療機関では行うことができない分野に事業を展開したい場合、付随するMS法人の設立することで、医療機関の信頼や専門知識、顧客基盤を生かしつつ、新しい事業を行うことができます。

万が一、MS法人で始めた事業が軌道に乗らなかった場合でも、経営が異なるため、財務的な影響は医療機関には及ばないというメリットもあります。

4-3.医療機関を拡大したい

医療機関自体の事業を拡大を考えている場合、MS法人設立のメリットは大きくなります。

【ケース１：医療法人化する場合】
医療法人化をする場合、クリニック使用していた資産を個人の財産として維持するためには、MS法人設立が有効です。

「2-4.経営リスクから資産を守ることができる」で解説しているとおり、現在は「持分あり」の医療法人の設立はできません。もし医療法人化する際に、これまで使用してきた個人のクリニックの建物などの不動産や医療機器などを提供した場合、医療法人の所有財産となり、個人の財産権はなくなります。

MS法人を設立して、医療法人で使用する建物や医療機器をMS法人の所有とし、医療法人に貸与することで、院長個人の資産を守ることにつながります。

【ケース２：分院展開する場合】
分院展開をする場合は、MS法人を設立することで資金調達の選択肢が増えるほか、本院・分院のバックオフィスを一元管理し、業務の効率化を図ることも可能です。

さらに新たに使用する不動産や医療機器の所有・管理のほか、経理や労務、予約管理システム、医療材料の仕入れ・管理など、各分院で行うのは、非効率的です。MS法人が一元管理することにより、業務の効率化を図ることができます。

4-4.事業承継対策をしたい

医療法人の理事長は、医師でなければ引き継ぐことはできないなど、医療機関の事業承継にはさまざまな規制があります。MS法人を設立し、事業承継に利用することでさまざまな選択肢が生まれます。

詳細は、「2-6.事業承継対策ができる」で解説しています。

5.辻・本郷 税理士法人の歯科クリニック税務顧問コミコミプランをおすすめします

ここまで申し上げてきた通り、MS法人の設立は、単なる法人設立とは大きく異なります。医科・歯科業界や特有の税務の知識が欠かせないのです。

辻・本郷の歯科クリニック税務顧問コミコミプランであれば、日常会計から税務、経営相談まで歯科クリニック様を全面的にサポ―トします。

辻・本郷 税理士法人の医科・歯科専門チームは、およそ1,000件の税務顧問実績（医科・歯科合計／2025年6月現在）があります。医療分野ならではの会計処理や税務の特徴、課題などをしっかり把握しているため、安心してお任せいただけます。

大手税理士法人ならではのノウハウを持つ、辻・本郷 税理士法人だからこそ、経営の不安に寄り添い、それぞれの歯科クリニック様に最適なアドバイスが可能です。
医療法人化やMS法人の設立もご相談ください。
※設立サポートは、別途費用が発生します。

歯科クリニック税務顧問コミコミプランは、定額でご利用いただけるお得なプランですが、提供するサービスに遜色はございません。

※消費税免税事業者の場合は、48万円／年（顧問料3万円／月＋決算料12万円／年）です。

まずは、辻・本郷 税理士法人にご相談ください。

6.まとめ

本記事では、MS法人設立のメリットや注意点などをご紹介しました。
もう一度、振り返ってみましょう。

• MS法人とは？

• MS法人設立の5つのメリット

• MS法人設立の6つの注意点

• MS法人設立を検討すべき医療機関とは？

MS法人の設立を考えている場合、まずは医科・歯科分野にくわしい専門家に相談することをおすすめします。