電子帳簿保存法は義務化以降どう変わった？ これまでと今後の制度変更のポイント
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令和6（2024）年1月に電子取引のデータ保存が本格的に義務化されてから、早くも2年半が経過しました。
制度開始当初は、はじめての義務化ということもあり、どのように対応すればよいのか非常に悩まれたのではないでしょうか。
また一方で、電子帳簿保存法に対応したシステム導入や業務フローの見直しなどをきっかけに経理周りのペーパーレス化が進み、業務が楽になったという声も聞こえてきます。
この電子帳簿保存法ですが、令和7・8年度税制改正により、令和9（2027）年1月から新たなルールが施行されることが決まっています。そこで今回は、電子帳簿保存法の今までの流れとこれからの改正ポイントについてご紹介します。
義務化スタートから2年、現場はどう変わった？
2024年1月に義務化された「電子取引のデータ保存」ですが、簡単にいえば「「電子取引」に該当するものは、必ず「電子データ」で保存することが必要」という改正になります。
たとえば、紙ではなくデータで請求書を受け取る場合にはこの「電子データ」に該当するため、一定の要件（真実性・可視性）を満たすようにして保存しなければなりません※。
改正当初はシステム選びや社内ルールの策定に頭を悩ませる企業が続出しましたが、令和5年（2023）12月までは宥恕措置、それ以降は以下に引用する猶予措置が設けられています。
このため、本格的なシステム導入は先送りし、最低限の対応をしながらなんとか急場を凌いでいる企業が多く見受けられます。
※ 電子帳簿保存法の制度概要については、過去の記事「いよいよ改正電子帳簿保存法がスタート！重要なポイントをご紹介」をご参照ください
令和5年度税制改正での猶予措置
次のイ･ロの要件をいずれも満たしている場合には、改ざん防⽌や検索機能など保存時に満たすべき要件に沿った対応が不要となり、電子取引データを単に保存しておくことができることとされました。
| イ | 保存時に満たすべき要件に従って電子取引データを保存することができなかったことについて、所轄税務署⻑が相当の理由があると認める場合（事前申請等は不要です。） |
| ロ | 税務調査等の際に、電子取引データの「ダウンロードの求め」及びその電子取引データをプリントアウトした書面の提示･提出の求めにそれぞれ応じることができるようにしている場合 |
一方で、近年では請求書などの電子データを会計システムにアップロードし、仕訳登録とともにデータ保存が行えるようなクラウド型のサービスも増えてきており、今までの経理業務の流れを崩さずに上手く法対応を進めている企業も多く存在します。
また義務化当時は、法対応がなされていなければ重加算税が10％上乗せされたり、青色承認が取り消されるなど、企業にとって非常に大きなデメリットが取り沙汰されていました。
しかし、国税庁が公表している「電子帳簿保存法一問一答」の問88に記載があるように、さまざまな状況を「総合勘案して」最終的に決定している様子が伺えます。このため、実際には柔軟な運用がされているものと思われます。
青色申告の承認の取消しについては、違反の程度等を総合勘案の上、真に青色申告書を提出するにふさわしくないと認められるかどうか等を検討した上、その適用を判断しています。
また、その電磁的記録を要件に従って保存していない場合やその電磁的記録を出力した書面等を保存している場合については、その電磁的記録や書面等は、国税関係書類以外の書類とみなされません。
ただし、その申告内容の適正性については、税務調査において、納税者からの追加的な説明や資料提出、取引先の情報等を総合勘案して確認することとなります。
なお、要件を満たさない保存は原則として認められないため、適切な対応は引き続き不可欠です。
令和7・8年度税制改正で何が変わる？（令和9年1月施行予定）
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そして、いよいよ令和9（2027）年1月から施行予定なのが、令和7・8年度税制改正に基づく新ルールです。
簡単にまとめると、法人・個人を問わず、以下の要件にのっとって送受信・保存した電子取引については、重加算税の10％加重措置の対象から除外されます。
また、個人事業主の場合には一定の要件を満たすことにより青色申告特別控除の上乗せ控除を受けることができるようになります。
送受信・保存の要件（ルール）※令和7年度税制改正による
| 新設する送受信・保存の要件※1、2 | |
|---|---|
| 改ざん防止の確保 | 電子取引データの送受信・保存を、訂正削除履歴が残るシステムで行うこと |
| 記帳の適正性確保 | 電子取引データの金額を訂正削除したうえで電子帳簿に記録した場合、訂正削除の事実・内容を確認できるシステムを使用すること |
| 電子帳簿との相互関連性確保 | 電子取引データと電子帳簿との関連性を相互に確認することができるようにしておくこと |
※1 要件を満たしていることについて、あらかじめ保存義務者による届出書の提出が必要です
※2 電子取引データの送受信・保存にあたっては、「見読可能装置の備付け」、「システム概要書の備付け」および「検索機能の確保」といった要件を満たす必要があります
青色申告特別控除について（個人事業主）
| 要件 | 令和9年分以降（控除額） |
|---|---|
| 複式簿記 + イ 電子申告（e-Tax） + ロ 優良な電子帳簿もしくは請求書データ等との自動連携 （上記ルールに該当するシステムによる電子取引データ保存） |
75万円 |
| 複式簿記 + 電子申告（e-Tax） | 65万円 |
| 複式簿記 + 書面での申告 | 10万円 |
このように、65万円控除を適用するには電子申告は必須となる一方、電子帳簿保存法に関連するデジタル対応をクリアすることで+10万円の上乗せ控除ができるような仕組みになっています。
そのため、たとえばすでにe-Taxでの電子申告をおこなっており、かつ要件に該当する会計システムを利用している場合には、令和9年分の所得税から控除額を75万円にアップできる可能性が出てきます。
注意点として、適用を受けようとする年の法定申告期限までに届出を提出する必要があることと、そのうえで各種要件に該当する帳簿保存などをおこなっておく必要もあるため、適用を目指す際には必ず要件などを確認するようにしましょう。
おわりに
今回は、電子帳簿保存法についてご紹介しました。
お読みいただいたとおり、電子帳簿保存法にはさまざまな要件やペナルティがあったり、今後の改正については控除額が増えるようなメリットも用意されていたりと、すべてを理解するためには多くの情報が必要となります。
辻・本郷 税理士法人では電子帳簿保存法対応のご支援はもちろんのこと、専門チームを交えた業務全体の効率化提案も行っております。
ぜひ、お気軽にご相談ください。
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